淋病双球菌侵入尿道后发病过程共分三个阶段：第一阶段称为侵入期，当淋病双球菌进入尿道后，即刻侵入尿道的粘膜下层，在此阶段淋病双球菌因为尚没有生长繁殖，故多无症状；第二阶段生长发育期以及第三阶段排毒期中，部分淋球菌死亡，排出内毒素，从而引起组织对毒素的反应，开始出现临床症状。
一般来说，临床症状多在感染后3～5天发生。但是，患者身体虚弱、性生活过度及酗酒等，可使潜伏期缩短，使用抗菌素的患者也可延长潜伏期。
