在患有生殖器疱疹的病人中，男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。
　　
　　第一次发生生殖器疱疹后，经过一定的治疗或未经治疗，患者会逐渐好转，疱疹消退。但此时并不能说明生殖器疱疹已经痊愈，几乎100％的患者会出现复发性生殖器疱疹。这是由于生殖器疱疹病毒潜伏于局部粘膜引起的，复发性生殖器疱疹多在原发疹后1～4月内复发。复发后一般均在原处，全身症状轻，病程较短，皮损约10天左右消退。

　　复发性生殖器疱疹在原发后1-4个月内发生。第一次Ⅱ型疱疹病毒感染后一年内将近60%患者复发，第一年可复发4-6次。以后次数减少。复发患者全身症状较原发轻，每次发作的病程也较短，通常皮损约10天消退。有学者发现Ⅰ型疱疹病毒感染后只有14%复发，大大低于Ⅱ型疱疹病毒感染的复发率。复发一般都在原处，但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻、淋巴结不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈及龟头等部位，尿道发病较少见。由于复发性生殖器疱疹反复发作又难以控制，有时疼痛较严重等原因，造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。

　　原发或复发生殖器疱疹可伴有排尿困难、急性尿潴留、脑炎、子宫内膜炎、疱疹性瘭疽等严重的疾患。
　　
　　孕妇生殖器疱疹病毒感染率比一般人高2～3倍，而且病情较严重，可发生胎儿异常、早产、流产或死胎。新生儿对生殖器疱疹病毒异常敏感，据统计孕妇生殖器疱疹病毒感染后新生儿通过产道时，可有40%～60%的机会被感染，出现高热、带状分布的疱疹、肝脾肿大、脑炎或败血症，60%受染新生儿因此而死亡，痊愈且无后遗症者仅为15%，这就提醒我们应注意对母婴的保护。有的丈夫患生殖器疱疹后，不但不告诉妻子，而且仍然和妻子发生性关系，甚至不管妻子是否怀孕，导致妻子和婴儿的严重感染，这是十分不对的。
　　
　　皮肤性病科作组织病理(取一小块皮肤作活检)对诊断生殖器疱疹是很有帮助的，如果你对所患的疾病有怀疑，作皮肤组织病理检查是较好的方法，当然请专科医师诊断是必要的。具体说来，生殖器疱疹的组织病理有如下的特征：

　　表皮内水疱，系细胞的气球变性及网状变性所致，疱内可见棘层松解细胞及多核上皮巨细胞。真皮乳头水肿，可见血管外红细胞，真皮内程度不等的炎症细胞浸润，有嗜中性白细胞、淋巴细胞等。

　　目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征。在一些有条件的大医院可做病毒分离，用免疫荧光检查病毒包涵体，电镜检查病毒颗粒，酶联免疫吸附试验或放射免疫测定检测病毒抗原。

　　生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻度的包皮龟头炎，即被某些别有用心的所谓医生们诊断为生殖器疱疹，笔者就遇到数位这样的患者。有一些小门诊部受金钱的驱使，常常误导患者。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病。

　　(1)龟头包皮炎　初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。

　　(2)硬下疳　为硬性溃疡，边缘整齐。详见梅毒。
　　(3)淋病　也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
　　(4)固定红斑性药疹　常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发，要仔细地询问病史。
　　
　　对于生殖器疱疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，治疗还不能彻底清除病毒，也不能阻止疾病的复发。治疗的目的主要是缓解症状，减轻工业疼痛，缩短病程及防止继发感染等。